Prof. dr hab. Mariusz Matyka sprawuje funkcję Zastępcy Dyrektora IUNG-PIB ds. naukowych w zakresie badań środowiskowych. W ramach swojej pracy zawodowej zaangażowany jest w funkcjonowanie licznych rad naukowych, towarzystw naukowych, organizacji branżowych oraz zespołów eksperckich. Jego działalność naukowa i badawcza ogniskuje się głównie na następujących grupach zagadnień:

1. Zmiany w organizacji i intensywności produkcji gospodarstw rolniczych w kontekście ich wpływu na efekty produkcyjne, ekonomiczne i środowiskowe.

2. Regionalne zróżnicowanie uwarunkowań funkcjonowania i efektywności gospodarstw rolniczych

3. Ocena produkcyjności i efektywności ekonomicznej oraz oddziaływania na środowisko uprawy różnych gatunków roślin wykorzystywanych na cele energetyczne w formie biomasy stałej i substratów do produkcji biogazu.

4. Analiza zakresu i konsekwencji wdrażania Wspólnej Polityki Rolnej oraz regulacji prawnych związanych z sektorem rolniczym.